《红旗下的十字架——新中国成立初期中共对基督教、天主教的政策演变及其影响（1949-1955）》，香港：基督教中国宗教文化研究社有限公司，2012年（2020年再版）

《中国当代史民间资料集刊·林明生活账本》，上海：东方出版社中心，2025年

《中国当代史研究》第四辑，新普京澳门娱乐场网站1166社会主义历史与文献研究院中国当代史研究中心印，2023年

《中国当代民间史料集刊·王守家工作笔记》，上海：东方出版中心，2016年

《美国对华情报解密档案·中国内战》，上海：东方出版中心，2009年，编译约15万字

《流产的变革：1949年前后中华全国基督教协进会的革新之殇》，《中国基督教史研究》第23期，2024年12月

《1950年代初中共处理圣母军问题历史考察》，《中国当代史研究》第4辑，2023年12月

《1950年全国基督教会议筹办历史考察》，《历史教学问题》2022年第2期

《一九五二年陕西五帮村“教民骚动事件”中的干部与教徒》，《党史研究与教学》2016年第1期

《1950年“辅仁大学事件”历史考察》，《中共党史研究》2014年第2期

《建国初期中共宗教政策下的基层政府、干部与教徒：以1952年五帮村“教民骚动事件”为中心的考察》，收入《基督教与中国社会文化：第五届国际年青学者研讨会论文集》，香港：香港中文大学出版社，2014年

《大旱望云霓：新中国成立初期的基督教访问团》，收入《宗教与历史》第3辑，上海：上海大学出版社，2014年

《新中国成立初期周恩来对中国基督教问题的认识与实践》，收入徐晓红主编：《周恩来思想研究资料》，北京：中央文献出版社，2013年，第429-435页

《周恩来与建国初期中国基督教反帝爱国运动的发起》，《宗教学研究》2012年第1期

《从一则史料谈〈内部参考〉在国史研究中的利用》，《中共党史研究》2012年第2期

《“大旱望云霓”：新中国成立初期的基督教访问团》，《世界宗教研究》2011年第4期

《吴耀宗与新中国成立初期的基督教访问团》，收入邢福增主编：《大时代的宗教信仰》，香港：基督教中国宗教文化研究社有限公司，2011年

《建国前后中共对基督教的政策演变》，《中国当代史研究》第3辑，2011年8月

《三次谈话与三自爱国运动——从周恩来与基督教界民主人士的三次谈话说起》，《中国宗教》2011年第4期

《新中国成立初期周恩来对中国基督教问题的认识与实践》，《党的文献》2010年第3期

《抗美援朝时期中国基督教界的控诉运动》，《二十一世纪》（香港）2010年10月号

《〈中共中央关于天主教、基督教问题的指示〉时间考》，《当代中国史研究》2009年第6期

《虐婴还是育婴？——1950年代初育婴堂问题》，《二十一世纪》（香港）2008年6月号

《试论大革命时期苏联对国民二军的援助》，《安徽史学》2007年第3期

《国民二军联俄历史考察》，《历史教学》2007年第7期

《近代天主教在陕西八个教区的形成与发展》，《中国天主教》2007年第4期

2019年度横向课题“陈修良研究”，在研

2018年度上海市哲学社会科学规划项目“1950年代中国天主教自选自圣制度历史考察（1949-1958）”（项目号2018BLS007），已结项

2017年度上海市浦江人才计划项目“新中国成立初期中国天主教的三自革新运动研究（1949-1958）”（项目号17PJC031），已结项

2014年度上海市教育委员会科研创新项目“新中国成立初期中国基督教的三自革新运动研究”（项目号14ZS046），已结项

2010年度国家社科基金青年项目“新中国成立初期中国共产党的基督教政策及其历史经验研究”（项目号10CDJ005），已结项

2014年9月至2015年10月，耶鲁大学神学院访问学者

2013年9月至11月，台湾辅仁大学历史系访问学者

2010年7月至8月，香港中文大学神学院访问学者